⁣Setelah Selene memindahkan Natsu dan yang lainnya ke Elentear, mereka diserang oleh anak buahnya, Moonlight Divinities (Dewata Cahaya Bulan). Mereka bertarung menggunakan Spirit Arts (Seni Roh), yang berbeda dari Sihir atau mantra, dan para penyihir Fairy Tail pun berada dalam kesulitan.

⁣Penyihir Putih (White Mage) mengungkapkan bahwa namanya adalah Faris dan dia berasal dari Elentear. Dia memberi tahu Fairy Tail bahwa dia hanya menjalankan perintah Dewa Naga Bulan, Selene, demi menyelamatkan Elentear. Ketika Selene muncul, dia mengirim semua orang ke Elentear.

⁣Penyihir Putih (White Mage) menggunakan Aqua Aera, sihir milik Touka, untuk membawa para penyihir Fairy Tail ke Elentear, tanah airnya, namun mereka malah terdampar di Edolas. Setelah bersatu kembali dengan Fairy Tail versi Edolas, Natsu dan kawan-kawan pergi menemui Mystogan untuk meminta bantuan.

⁣Gajeel berubah menjadi raksasa berkat sihir Brandish dan bertarung melawan Dewa Naga Kayu. Sekarang yang tersisa hanyalah mengalahkan God Seed Aldoron. Api Natsu membakar Aldoron, sosok yang sama sekali tidak menghargai nyawa manusia karena ia menganggap mereka hanya sebagai makanannya.

⁣Gray dan Juvia menghadapi tubuh utama Metro, sementara yang lainnya bertarung melawan golem-golemnya. Di saat yang sama, Jellal menghadapi Gears. Ketika pertempuran menyisakan Aldoron sendiri, sosok yang tak terduga namun akrab muncul: Brandish.

⁣Natsu mengubah Wolfen menjadi Zeref palsu dan menggunakan kutukan Ankhseram untuk melawan Wolfen. Penyihir Fairy Tail lainnya menghadapi tiga God Seeds lainnya: Metro, Gears, dan Doom. Kemudian, pemimpin dari para God Seeds, Aldoron, muncul di hadapan Natsu.

⁣Ketika kelima bola kristal tersebut hancur, sesuatu yang tak terduga terjadi: Dewa Naga Kayu, Aldoron, bangkit kembali. Hal ini juga mengaktifkan God Seeds (Benih Dewa), yang mulai menyerang Natsu dan kawan-kawan dengan cara berubah menjadi sosok yang mereka anggap sebagai orang terkuat.

⁣Hasil dari pertempuran-pertempuran tersebut mulai ditentukan… Sementara Lucy dan yang lainnya terus berusaha memasukkan rekan-rekan mereka ke dalam kartu, Wendy berhadapan dengan Naga Lengket (Sticky Dragon) Nebaru, yang ingin melahapnya!

⁣Natsu dan Happy mendapati bahwa Touka sebenarnya adalah seekor kucing, dan dia telah salah mengira Happy sebagai Natsu. Sementara itu, Laxus melepaskan kemampuan barunya, Petir Merah (Red Lightning), saat melawan Erza. Sekarang hanya tersisa dua bola kristal, tetapi saat Happy melemparkan sebuah bola ke arah Penyihir Putih (White Mage)…

⁣Ternyata Wraith dulunya adalah penyihir Fairy Tail, dan Makarov serta Wraith adalah keluarga seaguild. Sementara itu, Wendy berjuang keras melawan Nebaru, dan Lucy mulai mengumpulkan anggota Fairy Tail lainnya dengan bantuan Cana dan Kartu Sihirnya.

⁣Natsu bertarung melawan Wraith, sang Naga Roh (Spirit Dragon), tetapi serangan Natsu tidak berguna melawannya. Di ambang kematian, Natsu melihat Zeref, Mavis, dan Igneel. Sebagai thoughtform (bentuk pikiran), Natsu akhirnya mampu menyerang Wraith. Saat itulah Wraith menemukan tubuh untuk dirasuki…

Film ini ⁣menceritakan akhir dari trilogi petualangan Arthur yang terjebak dalam dunia Minimoy, di mana ia harus menemukan cara kembali ke ukuran normalnya sambil menghentikan Maltazard yang kini berukuran raksasa menguasai dunia manusia, dibantu oleh Selenia dan Betameche, serta berhadapan langsung dengan Darkos, putra Maltazard, dalam pertarungan besar yang menentukan nasib kedua dunia.

⁣Natsu, Lucy, Gray, dan Erza melawan teman-teman Guild mereka sendiri untuk membebaskan mereka dari hipnotis. Kemudian, Wendy bertemu dengan Pemakan Naga (Dragon Eater) yang baru. Dan Pemakan Naga lain yang ditemui Natsu ternyata adalah…

⁣Touka si Penyihir Putih (White Mage) telah mencuci otak anggota Fairy Tail. Dia berencana untuk menghancurkan bola-bola kristal dari lima kota di Aldoron untuk mengalahkannya; Natsu dan yang lain harus melawan teman-teman mereka untuk menyelamatkan mereka dari Penyihir Putih dan menghentikan rencananya.

⁣Kelompok itu menuju Drasil untuk mencari Aldoron. Juvia ikut bergabung, tetapi dia bertingkah aneh dan memperingatkan kelompok itu tentang Penyihir Putih (White Mage). Drasil ternyata adalah kota yang dibangun di atas Aldoron, dan seorang pria tua yang baik hati menunjukkan mereka berkeliling kota. Tapi kemudian…

⁣Sebagai ucapan terima kasih karena telah menyelamatkan Ermina, Mercphobia memberikan informasi kepada kelompok itu mengenai sisa dari Lima Dewa Naga (Five Dragon Gods). Dan saat mereka berada di kota Tekka, mereka bertemu dengan seseorang yang terlihat persis seperti Erza…

⁣Ketika Mercphobia kehilangan kendali dan hampir melumpuhkan Natsu, sebuah tangan muncul untuk menyelamatkannya. Dan tangan itu milik seseorang yang tidak disangka oleh Natsu: Dewa Naga Api dan putra Igneel, Ignia.

Film ini ⁣menceritakan kelanjutan petualangan Arthur yang kembali ke dunia Minimoy untuk menyelamatkan putri Selenia dari ancaman jahat Maltazard, yang kini berhasil lolos dari teleskop dan memiliki ukuran manusia, serta berencana membalas dendam dengan memperbesar dirinya dan menyerang dunia manusia, membuat Arthur terjebak dalam dunia Minimoy nya.

⁣Natsu dan yang lainnya berhasil mengusir Diabolos untuk sementara waktu. Kemudian Mercphobia mulai menghancurkan Ermina dan penduduknya, yang memaksa Natsu dan teman-temannya membuat keputusan yang sulit. Sementara itu, Penyihir Putih (White Mage) mulai melakukan apa yang menjadi tujuannya…

⁣Natsu, Wendy, dan Erza ditangkap oleh Diabolos, dan Lucy berangkat untuk menyelamatkan mereka. Dalam perjalanannya, dia bertemu dengan seseorang yang tak terduga… Sementara itu, Jellal mengetahui rahasia Touka.