⁣Rival masa kecil Ben, Billy Billions, menggunakan teknologi khusus untuk mengubah tubuh Ben dan Rook menjadi anak kecil berumur 11 tahun.

⁣Khyber memanfaatkan festival tahunan kota Bellwood untuk menyabotase dan memburu Ben di tengah keramaian.

⁣Dua teknisi bodoh Plumbers, Blukic dan Driba, melakukan perjalanan konyol demi mencari minuman Smoothie, sementara Ben bertarung melawan alien gajah Trombipulor.

⁣Acara memancing Kakek Max, Ben, dan Rook terganggu oleh serangan bajak laut robotik yang menculik Magister Patelliday.

⁣Gwen dan Kevin mengunjungi Ben, namun reuni mereka diganggu oleh kedatangan putri prajurit Tetramand, Looma, yang mengeklaim Ben sebagai calon suaminya.

⁣Dr. Psychobos mencuri komponen Omnitrix, menyebabkan malfungsi yang membuat Ben berubah menjadi alien secara acak dan aneh.

⁣Ben terpaksa menyerahkan Omnitrix kepada Vilgax. Namun, Ben mengaktifkan mode penghancuran diri (self-destruct) Omnitrix hingga hancur berkeping-keping. Ben kemudian merebut Ultimatrix dari tangan Albedo, mengalahkan Vilgax, dan bersiap menghadapi petualangan barunya di seri Ultimate Alien.

⁣Albedo mencuri teknologi jam baru, Ultimatrix, dan bersekutu dengan Vilgax. Mereka menculik Gwen dan Kevin untuk memaksa Ben menyerahkan Omnitrix miliknya.

⁣Kevin melacak keberadaan Ragnarok, alien kejam yang bertanggung jawab atas kematian ayah kandung Kevin bertahun-tahun lalu.

⁣Plumbers' Helpers (Manny, Helen, Pierce, Alan) dikirim ke stasiun luar angkasa dan harus bertarung melawan Ben yang mendadak tampak menjadi jahat (yang ternyata adalah ujian akhir dari Kakek Max).

⁣Tetrax (alien pelindung) kembali ke bumi untuk mengambil batu tubuh Chromastone demi membangkitkan kembali planet asalnya, Petropia, yang hancur.

⁣Gwen kembali ke masa lalu menggunakan sihir untuk mencegah kecelakaan mutasi Kevin, namun tindakannya menciptakan masa depan alternatif yang sangat gelap dan dikuasai Charmcaster.

⁣Planet Primus (pusat database DNA Omnitrix) terancam oleh Vilgax. Ben harus bertarung memperebutkan Omnitrix di planet asing tersebut.

⁣Omnitrix mengalami kerusakan fungsi, mengubah Ben menjadi Rath (alien macan pemarah yang tidak bisa diam) saat mereka harus mengawal bayi pangeran alien yang sensitif.

⁣Tim Ben menemukan kotak alien ajaib (Naljian Destructor) yang bisa meniru semua wujud kekuatan fisik dan alien milik tim Ben.

⁣Kevin bersekutu dengan Darkstar demi menyembuhkan mutasi tubuh mereka, namun Darkstar berkhianat dan menyerap seluruh kekuatan Kevin dan Gwen.

⁣Planet asal Vilgax diserang oleh Ghostfreak yang lepas. Vilgax terpaksa meminta bantuan Ben. Ben menyerap kembali Ghostfreak ke Omnitrix namun harus berjuang menahan kendali pikirannya.

⁣Penyihir jahat Charmcaster kembali dan memanipulasi Kevin agar membantunya menyerap seluruh kekuatan sihir mana milik Gwen.

⁣Senjata biologi rahasia milik Highbreed yang tertidur di bumi mendadak aktif dan mulai mengasimilasi kota. Ben harus menghentikannya dari dalam.

⁣Pemburu bayaran bernama Sunder mengirim tangan kiri Ben (yang terpasang Omnitrix) ke dimensi Null Void, membuat Ben harus bertarung hanya dengan satu tangan.