Road to Ninja: Naruto the Movie bercerita tentang Naruto dan Sakura yang terjebak di dunia paralel ciptaan Tobi, di mana orang tua Naruto hidup dan Sakura menjadi yatim piatu, memaksa mereka menghadapi realitas yang berlawanan dengan dunia mereka dan mencari cara untuk kembali sambil belajar tentang arti sebenarnya menjadi shinobi dan kekuatan ikatan keluarga.